Lokomotiva

Pjaca memulakan kariernya bersama kelab Croatia iaitu Lokomotiva. Beliau melakukan penampilan sulungnya pada 24 Februari 2012 dalam perlawanan liga ketiak menentang Zadar yang menyaksikan pasukannya menang 3-0. Pjaca turut mencetak nama sebagai pembantu jaringan bagi menyumbang kejayaan pasukannya.[2] Perlawanan tersebut merupakan satu-satunya penampilannya pada musim tersebut. Pada musim seterusnya, Pjaca memainkan peranan penting dalam pasukannya. Beliau telah menamatkan musim dengan menjaringkan 2 gol sepanjang 17 penampilan. Kemudian pada musim 2013–14, beliau telah berjaya menarik minat beberapa kelab yang lebih besar berikutan prestasinya yang tampil dalam 31 penampilan dan menjaringkan tujuh gol.

Dinamo Zagreb

Pada musim panas 2014, Pjaca telah melakukan perpindahan ke kelab gergasi Croatia iaitu Dinamo Zagreb dengan bayaran perpindahan yang menelan kos sebanyak €1 juta.[3] Beliau melakukan penampilan sulungnya dalam perlawanan pembukaan liga, di mana beliau turut menjaringkan gol dalam perlawanan tersebut ketika menentang Slaven Belupo.[4] Pada 11 Disember 2014, beliau telah menjaringkan hatrik untuk membantu Dinamo menumbangkan Celtic 4–3 dalam perlawanan terakhir peringkat kumpulan Liga Europa.[5] Pjaca menghabiskan musim tersebut dengan menjaringkan 14 gol sepanjang 47 kemunculan dalam semua kejohanan. Dinamo turut dinobatkan sebagai juara liga buat kali ke-10 berturut-turut.[6] Pjaca beraksi sepanjang perlawanan ketika perlawanan akhir Piala Croatia yang menyaksikan Dinamo muncul juara selepas menundukkan RNK Split menerusi tendangan penalti. Pada 20 Julai 2016, Pjaca mengesahkan perlawanan terakhirnya bersama Dinamo semasa pusingan kelayakan Liga Juara-Juara menentang wakil Macedonia, Vardar. Beliau menjaringkan dua gol dan menyumbang satu jaringan gol pasukannya sebelum meraih tepukan gemuruh dari peminat yang hadir menonton penampilan terakhirnya di Stadion Maksimir.

Juventus

Pada 21 Julai 2016, Pjaca disahkan telah menandantangani kontrak lima tahun bersama Juventus dengan bayaran perpindahan sebanyak €23 juta.[7] Perpindahan tersebut menandakan Pjaca merupakan pemain termahal dijual oleh kelab Dinamo dan Liga Croatia.

Pjaca melakukan penampilan sulungnya untuk Juventus pada 27 Ogos dalam perlawanan Serie A menentang Lazio. Beliau tampil sebagai pemain gantian dengan menggantikan Paulo Dybala pada separuh masa kedua yang menyaksikan Juve mengalahkan Lazio 1–0 di gelanggang lawan. Pada Oktober 2016, Pjaca mengalami retakan fibula ketika beraksi untuk pasukan Croatia dan telah diketepikan selama enam minggu pada mulanya. Namun setelah tiga bulan untuk membolehkan beliau pulih, akhirnya beliau tampil ketika perlawanan Coppa Italia menentang Atalanta dan Fiorentina di Serie A.[8][9] Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Juventus ketika perlawanan Liga Juara-Juara menentang Porto.[10] Pjaca setersunya mengalami kecederaan ligamen (ACL) pada 28 Mac ketika beraksi untuk Croatia dan mengakibatkan beliau terpaksa mengambil rehat selama enam bulan.[11]

Schalke 04

Selepas pulih daripada kecederaan jangka panjang, Pjaca telah diumumkan akan dipinjamkan ke FC Schalke 04 dengan pilihan untuk membeli pemain tersebut pada penghujung musim 2017–18. Beliau menerima pendapatan sebanyak €800,000 bersama bonus sebanyak €200,000.[12][13][14] Schalke mensasarkan tempat ke Liga Juara-Juara untuk musim hadapan dan jurulatih Domenico Tedesco memandang Marko sebagai pemain yang boleh membantu pasukan untuk mencapai sasaran tersebut. Selain itu, Marko dapat memiliki minit permainannya bagi persiapan menghadapi Piala Dunia yang akan berlangsung pada hujung musim. Pjaca melakukan penampilan sulungnya pada 13 Januari ketika menentang RB Leipzig.[15] Beliau menjaringkan gol pertamanya ketika beraksi dalam perlawanan keduanya untuk Schalke pada 21 Januari ketika menentang Hannover 96.

Fiorentina

Pada 7 Ogos 2018, Pjaca telah dipinjamkan ke Fiorentina selama satu musim dengan pilihan untuk membuat pembelian tetap dengan bayaran yang tidak didedahkan.